Huvudförhandling i målet inleddes vid Nacka tingsrätt och mark- och miljödomstolen på tisdagen och kommer att pågå till slutet av november.
Målet gäller den nya regleringen av Mälaren som blir en följd av ombyggnaden av Slussen i Stockholm. Vattennivån kommer då att höjas under vissa perioder vilket påverkar stora arealer av åkermark kring Mälaren.
Ett stort antal markägare i Enköpingsområdet berörs.
Frågan om skadereglering sköts upp efter att det första förslaget från Stockholm stad på ersättningsnivå avvisades då det ansågs för lågt.
Till en början gäller förhandlingarna ett 15-tal pilotmål. Resterande ersättningsanspråk kommer därefter att handläggas. Processen kan bli långdragen då ersättningsanspråken varierar stort mellan markägarna. Målet kan även drivas vidare i mark- och miljööverdomstolen.
Enligt Jordbruksverkets konsekvensbedömning kommer nära 12 000 hektar åker- och betesmark att påverkas av den nya regleringen.
– Men det är svårt att sätta ersättningsnivåer eftersom ingen vet hur det kommer att bli i praktiken och det oroar oss, sade Fredrik Andersson i LRF Mälardalen i en intervju i Enköpings-Posten 2015 .
Mark- och miljööverdomstolen konstaterade i sin dom över regleringen av Mälaren att den sker på bekostnad av jordbrukets intressen men att de positiva effekterna för naturvårdsintressena uppväger detta.