Räddningstjänst och polis larmades till branden strax före klockan två natten till lördag.
-Det började att brinna i utemöbler och sedan spred det sig till fasaden och upp mot takkonstruktionen. Ingen är skadad men en person är chockad, säger Åsa Dehlin, ledningsoperatör vid Storstockholms räddningscentral.
Räddningstjänsten var snabbt på plats och slog ner lågorna. Därefter sågade brandmännen upp delar av taket för att kontrollera att det inte fanns några glödbränder där.
-De har nu konstaterat att det inte låg något och glödde där. Tack vare att brandkåren var så fort på plats lyckades man släcka innan det blev enorma skador, säger Torbjörn Karlsson, vakthavande befäl vid polisen i Uppsala.
Flera lägenheter ligger ovanför kaféet men dessa ska inte ha skadats i branden. Hur pass omfattande skador kaféet fick är oklart, men enligt polisen har fastigheten drabbats av vatten-, rök- och brandskador.
-Det kommer att behöva saneras och göras om, säger Torbjörn Karlsson.
Polisen misstänker att branden är anlagd och rubricerar händelsen som mordbrand.
-Vi kommer att spärra av platsen för att genomföra en teknisk undersökning, säger Torbjörn Karlsson.
Det finns på lördagen ännu ingen misstänkt gärningsman.