Mannen var fastklämd i bussen och fördes med ambulans till Akademiska sjukhuset där han senare under fredagen avled.
I bussen färdades, förutom mannen, ytterligare en passagerare och bussens chaufför. Enligt uppgift klarade de sig med lindriga skador.
Efter olyckan tog polisen bussen i beslag för teknisk undersökning.
- Strax innan olyckan fick vi ett samtal om att bussen framfördes vingligt på vägen. Men vad som är orsak till olyckan vet vi ännu inte, säger Lisa Sannervik, informatör Uppsala polisen.
Förutom den tekniska undersökningen kommer polisen att förhöra busschauffören och den andra passageraren för att försöka reda ut vad som hände.
Olyckan inträffade vid 06.20-tiden på fredagen på riksväg 55 i höjd med Svinnegarn utanför Enköping.