IP-Only i Uppsala, som sysslar med bland annat fiberbaserade it-nät, har cirka 300 anställda och en årsomsättning på drygt en miljard kronor.
2013 köptes IP-Only av Wallenbergsfärens riskkapitalbolag EQT för 238 miljoner kronor.
I IP-Only-koncernen ingick två bolag med outnyttjade underskott på totalt 525 miljoner kronor.
Den här typen av underskott går i vissa fall att kvitta mot vinster och företag kan på så sätt, helt lagligt, minska sin skatt.
I ett komplicerat skatteärende fastslår nu förvaltningsrätten i Uppsala att IP-Only har gjort större underskottsavdrag än tillåtet.
Staten har satt upp begränsningar för hur stora underskott som får kvittas bort. Bakgrunden är att det framför allt under 1990-talet förekom handel med så kallade skalbolag vilket innebar att vinstgivande bolag köpte upp förlustbolag enbart i syfte att slippa undan skatt.
I det underskott som IP-Only dragit av har koncernen lagt in 20 miljoner kronor i utgifter för konsulter, rådgivare och liknande. Kostnaden på 20 miljoner uppkom då försäljningen till EQT skedde.
Men förvaltningsrätten skriver att den här typen av transaktionskostnader, som uppkommit enbart för att genomföra bolagsöverlåtelser, inte får ingå i underskottsavdraget.
Inklusive även andra underkända delar i underskottsärendet höjer domstolen IP-Onlys beskattningsbara inkomster med 109 miljoner kronor.
IP-Only ska även betala 7 miljoner kronor i skattetillägg, en form av sanktionsavgift. Orsaken är att koncernen har kryssat i fel rutor i skattedeklarationerna för de båda aktuella IP-Only-bolagen. Som en följd har aktier angetts vara värda 727 000 kronor istället för det korrekta beloppet 40 miljoner kronor vilket i sin tur har påverkat beräkningen av underskottet.
Enligt Skatteverket skulle felet aldrig ha upptäckts om inte myndigheten gjort revision. Skatteverket har begärt att IP-Only ska påföras ett skattetillägg, vilket kan bli aktuellt om någon lämnar oriktiga uppgifter i deklarationen.
IP-Only har svarat att felet var en följd av ett rent förbiseende och att man anser det stötande att i det läget ta ut ett skattetillägg.
Förvaltningsrätten konstaterar att koncernen hade kunnat tillgodogöra sig ett för högt underskottsavdrag om den oriktiga uppgiften inte uppdagats.
För att ett skattetillägg ska påföras krävs inte att felet varit uppsåtligt utan det räcker enligt domstolen med att den lämnade uppgiften varit inkorrekt.
Därför ska IP-Only betala straffavgiften.