Mannen greps i torsdags i förra veckan och våldtäkterna ska ha ägt rum på Akademiska sjukhuset i december 2021, vilket SVT Uppsala var först med att rapportera om.
Samma man är även misstänkt för en tredje våldtäkt. Den ska ha skett i slutet av augusti i år på en annan adress i Uppsala.
Mannen häktades i helgen. Han nekar till samtliga brottsmisstankar men häktades på den starkare misstankegraden, sannolika skäl.
– Två av de misstänkta våldtäkterna har ägt rum i en vårdande situation på Akademiska sjukhuset 2021, men jag uttalar mig inte om vilka roller de olika personerna hade eller andra omständigheter i ärendet, säger assistentåklagare Karin Persson till UNT.
Akademiska sjukhuset uppger att det var först under måndagen som man fick kännedom om de misstänkta våldtäkterna.
– Vi ser oerhört allvarligt på uppgifter om att två fall av våldtäkter ska ha skett på Akademiska sjukhuset under 2021 i vårdande miljö. Informationen är ny för oss. Vi hade inte kännedom om det tidigare, säger säkerhetschef Viktor Ekström i en kommentar.
Han säger vidare att sjukhuset nu samarbetar med polis och åklagare och bistår utredningen med de uppgifter som de behöver.
– Vi kommer inte att kommunicera ytterligare i det enskilda fallet med hänsyn till förundersökningssekretess, säger Viktor Ekström.
Den misstänkta mannens advokat vill inte säga något om ärendet.
– Jag uttalar mig inte i något avseende i det ärendet, säger Henrik Stolare.