Swedavia skrev på sin hemsida att det var tekniska problem på bagageanläggningen och att väskor under tiden fick checkas in som "specialbagage". Man skrev också att "felsökning pågår".
Vid sjutiden på morgonen ska felet ha åtgärdats och köerna minskat betydligt.
– Vi har återgått till normal drift igen och jag har inte fått några rapporter om att köerna orsakat några missade flyg, säger Peter Werring, pressansvarig på Swedavia.