Enligt åtalet misstänks mannen ha stöttat den Iranstödda shiamilisen Hizbollah.
Det var under ett framträdande i delstaten New York i augusti 2022 som Rushdie attackerades av en man ur publiken och mottog över ett dussin knivhugg, som ledde till att han blev blind på ett öga.
Mannen är sedan tidigare åtalad misstänkt för mordförsök och misshandel mot författaren. Rättegångsprocessen skulle ha inletts i januari i år men lades på is. Enligt AP kommer de två åtalen att hanteras separat.