Joel Staffan Runestam, son till Arvid Runestam och hans maka Lucie, född Söderblom, föddes på Riddartorget 1 i Uppsala. Som sjuåring började han i Domkyrkans gosskör, vars 100-årsjubileum han hann uppleva. 1937 flyttade familjen till Karlstad, där Staffan tog studenten för att sedan läsa historia vid Uppsala Universitet.
Uppdraget som förste kurator i Värmlands Nation erbjöd en arena för Staffans sociala begåvning. De tre första läsåren bodde han i Domtrapphuset hos sin mormor, Anna Söderblom. Hennes minnen från Paris, Staby och Leipzig bevarade den unge historikern pietetsfullt, vilket senare visade sig i hans Söderbloms-forskning.
1956 gifte sig Staffan med Birgit Lundin, sjuksköterska vid Akademiska sjukhuset; de fick i snabb följd tre barn, som förblivit Uppsala trogna. 1966 disputerade Staffan med en avhandling om förstakammarhögern och rösträttsfrågan, där han analyserar motståndet mot Arvid Lindmans linje. Redan 1957 hade Staffan börjat sin bana bland arkiv och bibliotek: först i Uppsala, därefter i Umeå, där han byggde upp det nya universitetsbiblioteket. 1970 kallades Staffan till chef för UD:s bibliotek i Stockholm. Han återvände 1986 till Carolina Rediviva som chef för Svenska avdelningen.
2007 utnämndes Staffan till teologie hedersdoktor vid Uppsala universitet. I motiveringen framhölls hans unika kunskaper – och därpå baserade forskning – om Nathan Söderbloms liv och gärning och hans arbete med att ordna och katalogisera Söderbloms arkiv. Arkivet är Carolinas största och omfattar 43 hyllmeter. In i det sista arbetade Staffan med efterlämnade skrifter och brev från sin pappa och från makarna Söderblom. En av hans sista böcker var Biskoparna och kriget, där han beskriver Arvid Runestams vänskap med Oslo-biskopen Eivind Berggrav.
Staffan förenade forskarens ackribi och ämbetsmannens omutlighet med stor humor. Dessa egenskaper gjorde honom till en älskad chef och kollega. För oss var Staffan släktens kollektiva minne, vår osvikliga replipunkt. Det var läkedom för själen att samtala med honom, att få hans humanistiska blick på människor och värmas av hans djupt kristna personlighet.