Han var docent i matematik och 1961–88 universitetslektor vid Stockholms universitet. Men det var hans intressen på ett annat fält som alltmer skulle uppta hans forskningstid vid sidan av matematiken. Från unga år var han starkt kyrkligt engagerad. Gudstjänstens materiella ting och liturgiska praxis i ett brett spektrum av kyrklig kultur- och konsthistoria blev det forskningsfält han mutade in. Han blev en skicklig och noggrann arkivforskare med utpräglat sinne för akribi och detaljer och debuterade redan på 1940-talet i skriftserien ”Upplands kyrkor”. 1964 knöts han till Riksantikvarieämbetets dokumentationsenhet och utgav i samarbete med antikvarien Erland Lagerlöf ett tiotal volymer i gotlandsdelen av det stora konsthistoriska inventariet ”Sveriges kyrkor”.
Grundläggande för den svenska paramentikens historia är hans stora bok om ”Kyrklig skrud enligt svensk tradition” (1964). Ett annat av hans intressen var de kyrkliga ämbetsvigningarnas historia. 1972 kom boken ”Svenska biskopsvigningar från reformationen till våra dagar” med en minutiös dokumentation om alla sådana vigningar och deras omständigheter.
Stolt gav ut många böcker, var en mycket flitig skribent i tidningar och tidskrifter och fick behålla sin intellektuella spänst livet ut. Hans 2009 utgivna bibliografi omfattar drygt 1 300 nummer. Samtidigt som sin 2020 bortgångna hustru Lutherforskaren Birgit Stolt, professor i tyska, promoverades han 1996 till teologie hedersdoktor vid Uppsala universitet.
En stor och bestående insats gjorde Bengt Stolt under 1950- och 60-talen som ordförande i S:t Ansgars stiftelse och energiskt drivande kraft när studentkyrkan i Uppsala med tillhörande studentbostäder byggdes. År 2019 publicerade han sina minnen från den tiden och han fick glädjas åt att kyrkan byggts ut och alltjämt är fullsatt varje söndag. Också på så sätt skall hans gärningar följa honom efter.