Nils Lundqvist växte upp i Sunnanå i Hälsingland där hans far var folkskollärare. Efter studentexamen i Söderhamn skrevs Nils in vid Uppsala universitet 1951. Naturintresset, som grundlagts redan i barndomen, ledde till filosofie magister-examen i biologi och geografi följd av lärarhögskola. Under studieåren träffade Nils sin blivande hustru Kerstin. Intresset för fortsatta studier ledde till licentiat- och doktorandstudier i systematisk botanik som avslutades med en omfattande avhandling över koprofila svampar (småsvampar som lever på spillning) 1972. Samma år utnämndes Nils till docent i botanik.
Under studietiden var Nils verksam vid undervisningen i botanik på olika nivåer samt tjänstgjorde tidvis som museiintendent vid Botaniska museet. Åren 1977–1982 innehade han en docenttjänst i botanik vid Uppsala universitet. 1982 utnämndes Nils till professor i kryptogambotanik vid Naturhistoriska riksmuseet, en tjänst han uppehöll till sin pensionering 1995.
Nils Lundqvists huvudsakliga verksamhet kom att gälla svampforskning. Hans magnum opus var avhandlingen som belönades med högsta betyget. Han blev internationellt känd som en noggrann och djuplodande forskare. Även inom storsvampforskningen gjorde han viktiga insatser inte minst i Sverige och han deltog flitigt i exkursioner och träffar både i Sverige och utomlands.
Nils var en mångkunnig biolog. Även växter, fåglar och insekter var föremål för hans stora intresse vilket vi, hans kollegor, har erfarenhet av genom kurser och exkursioner både i vårt land och under resor i bl.a. Afrika och Sri Lanka.
1981–1988 var Nils ordförande i Svenska botaniska föreningen som då starkt ökade sitt medlemsantal, mycket tack vare de årliga botanikdagar som började anordnas i olika landskap och alltjämt fortgår.
I vänkretsen kunde man få lyssna på någon av hans favoriter inom jazzen eller diskutera filmer, ett område som också var hans stora intresse. Nils var en lågmäld och humoristisk person. Han framhävde aldrig sig själv eller sin forskning och det var alltid stimulerande att umgås med honom, både under tak och ute i fält.