Jan Ekman disputerade 1979 vid zoologiska institutionen, Göteborgs universitet på en avhandling om mesars ekologi och sociala beteenden. Efter en period vid Stockholms universitet erhöll han 1994 den nyinrättade professuren i populationsbiologi vid Uppsala universitet. Han utvecklade här ett framgångsrikt forskningsprogram med flera lärare och ett stort antal studenter.
Jans huvudsakliga studieobjekt under många år kom att bli lavskrikan, de norrländska skogarnas både doldis och charmtroll. Artens speciella familjestruktur där ungfåglar kan stanna kvar flera år i föräldrareviret kartlades av Jan och forskningen vilade på en stark teoretisk grund kring sociala strukturer och individers beteenden inom en population. Detta ledde vidare till en mer övergripande forskning rörande evolutionen av fåglars sociala beteende.Vid sidan av den biologiska forskningen hade han stor kunskap om och starkt intresse för osteologi.
Jan Ekman gjorde en mycket värdefull insats för den teknisk-naturvetenskapliga fakulteten och hela Uppsala universitet vid sjösättningen av Evolutionsbiologiskt Centrum (EBC) 1999. Som förste prefekt för den storinstitution som bildades vid EBC:s invigning hade Jan en central roll i satsningen. Det låg en stor utmaning i att utveckla administrativa rutiner, forma en väl fungerande arbetskultur och skapa en stimulerande vetenskaplig miljö. Med lugn och lågmäld framtoning lotsade Jan verksamheten framåt i med vad som facit i hand inte kan beskrivas som annat än en mycket framgångsrik universitetssatsning.
Jan Ekman saknas av ett stort antal kollegor i de forskningsmiljöer runtom i landet där han verkade vid under sin akademiska karaktär.