När Inga Bengtzon 1967 kom tillbaka till Uppsala som föreståndarinna för diakonianstalten Samariterhemmet hade hon en rik erfarenhet av kyrkligt arbete. Hon hade 1947–52 varit ungdomssekreterare i Uppsala ärkestift, där hon blev en inspirerande kraft i efterkrigstidens moderniserade ungdomsarbete och bl.a. medverkade när Rånäs ungdomsgård tillkom. När hon efter socionomutbildning diakonissvigts 1954 blev hon en av de första diakonissorna med högskoleutbildning. Hon var därefter anställd för kyrkligt ungdomsarbete i Göteborg 1954–61. Därifrån rekryterades hon till Svenska kyrkans diakonistyrelse för att på nationell nivå arbeta med familjefrågor. Den grundtanke hon drev var att kyrkans arbete med barn inte får bli ett isolat, utan måste ske i parallell samverkan med familjerna.
Redan efter fyra månader på Samariterhemmet blev hon tf direktor där, och 1970 ordinarie, den första diakonissan på den posten. Med sin kreativa kringblick för förändrade behov medverkade hon till att den gamla klosterliknande moderhustanken upplöstes. Samtidigt var hon med om att genomföra den stora utbyggnaden med sjukhus, äldrebostäder, handkappcentrum, patienthotell och utbildningslokaler. När diakonistiftelsens sjuksköterskeskola 1973 övergick i landstingets regi tillskapades istället en vidareutbildning av sjuksköterskor. År 1971 tillkom det ekumeniska Diakonicentrum, förlagt till Samariterhemmet. Kyrkans omsorg om ansvarstagande för psykiskt funktionshindrade var ett av Inga Bengtzons särskilda intressen.
Hon var en central person i Svenska kyrkan och bl.a. ledamot av biskopsmötets utbildningsnämnd, Svenska kyrkans diakoninämnds utbildningsutskott, styrelsen för Svenska kyrkans utbildningsinstitut och stiftelserna Fjellstedtska skolan och Kyrkfrämjandet. När Svenska kyrkans centralstyrelse inrättades 1983 blev hon suppleant där på ett opolitiskt mandat. Hon invaldes 1972 i styrelsen för diakonianstalternas internationella federation Diakonia, där hon var president 1979–88 och därmed fick en funktion som observatör i Kyrkornas världsråd. En sällsynt utmärkelse var den digra festskrift med författare från hela världen, som överlämnades till henne när hon i samband med sin 65-årsdag lämnade sin direktorstjänst.
I den svenska och internationella diakonins 1900-talshistoria var Inga Bengtzon en betydande gestalt.