Ebba Enghoff kom att utbilda sig och verka i Uppsala under den största delen av sitt liv. Efter fullgjord läkarutbildning vid medicinska fakulteten i Uppsala påbörjade hon sin kliniska utbildning hos proffesor Erik Ask-Upmark vid den medicinska kliniken på Akademiska sjukhuset. Det fanns då ingen speciell kardiologisk klinik men hjärtkirurgins framväxt under ledning av proffesor Viking Olof Björk kom att ställa krav på de kliniska, radiologiska och kliniskt fysiologiska klinikerna.
Utredningarna medförde att hjärtlaboratorier inrättades och ett mycket fruktbart och nära samarbete kom att växa fram. På den medicinska kliniken kom Elis Malers, Ingemar Cullhed, Ebba Enghoff och Hans Åberg att tilldelas ansvaret för kardiologins framväxt. En rad förnämliga avhandlingar publicerades som lade grunden till högklassig sjukvård.
Ebba Enghoff disputerade 1972 på en mycket grundlig studie av hjärtklaffsjukdomen aortainsufficiens. Hon kom sedan att under åren att arbeta vid hjärtlaboratoriet på röntgenavdelningen.
Hon blev särskilt framgångsrik med så kallade transseptala kateteriseringar. Hon skötte en stor och mycket värderad klinisk verksamhet och utbildade under hela sin tid vid Akademiska sjukhuset många medicine studerande och blev mycket uppskattad och beundrad. Hennes trivsamma väsen gjorde att man gärna samarbetade med henne. En föreläsningssal kom att benämnas efter henne.
Efter sin pensionering var hon under många år en ivrig deltagare i Senioruniversitetets föreläsningar. Ebba Enghoff var också angelägen om att bevara minnet av sin fader, den synnerligen framstående professorn i fysiologi vid Uppsala universitet, Henrik Enghoff, vilket tog sig uttryck i en förnämlig donation till Uppsala medicinhistoriska museum av ett finmekaniskt mästerverk tillverkat av fadern.
En svår sjukdom kom att fördystra Ebba Enghoffs sista levnadsår. Hennes klara intellekt var dock helt intakt intill slutet.