Carl Göran Andræ ägnade sitt yrkesliv åt historieämnet och var hela tiden verksam vid Historiska institutionen, Uppsala universitet. Han var en rikt begåvad person, öppen för nya intryck och idéer. Som en av de första i Sverige lät han sig inspireras av den berömda franska Annalesskolan, vilket hans medeltidsforskning vittnar om.
Han verkade för att till Uppsala bjuda in historiker som representerade nya inriktningar, exempelvis Robert Vogel från USA. Han var även den förste historiker i Uppsala som började använda datorer i forskningen; på så vis pekade han fram mot en mer sociologiskt präglad historievetenskap.
Carl Göran Andræ verkade under en tid då institutionens forskning var organiserad i form av ett antal större projekt. Själv var han en av ledarna för det så kallade folkrörelseprojektet. De stora projekten riskerade dock att leva sina egna liv på ett sätt som kunde gå ut över institutionen som enhet, och Carl Göran var en av de som såg dessa risker och sökte motverka dem. Han engagerade sig i forskarutbildningens uppläggning och var en av de första som drev linjen att alla doktorander skulle ha två handledare, något som nu är en regel. Uppdraget som dekan skötte han under tio års tid på ett uppskattat och omvittnat demokratiskt sätt. Som sekreterare för Svenska Historiska föreningen genomförde han det första svenska historikermötet, också det ett tidigt initiativ som blev rutin långt senare.
Carl Göran hade ett påfallande pojkaktigt utseende och sätt, även långt efter det att han pensionerats. Han gick alltid spänstigt och med rak rygg, var vänlig och lätt att ha att göra med. Han hade inte de vassa armbågar som den akademiska världen ibland kräver, och var nog känsligare än vad man kunde tro. Han var en uppskattad kollega.