Häktningsförhandlingarna genomfördes under onsdagen och resulterade i att de båda männen, 18 och 24 år gamla, häktades.
Våldtäkterna ska ha skett vid två tillfällen, enligt åklagaren. Första gången vid en händelse i december och andra gången i en lägenhet på Glimmervägen i Eriksberg i söndags.
De två männen greps under natten till söndagen efter att grannar larmat polisen.
- Det är två misstänkta, tre målsägande och två tillfällen, säger kammaråklagare Stefan Ekeroth.
- En av de misstänkta och en av de målsägande har varit med vid båda tillfällena.
Den 24-årige mannen är misstänkt för händelsen i december. Brotten vid det tillfället rubriceras som våldtäkt och ofredande. Övergreppet anmäldes till polisen efter händelsen, men den misstänkte gärningsmannen var då okänd för polisen.
Vissa beslag har gjorts i lägenheten i Eriksberg, där männen greps natten till i söndags. Materialet har skickats till Statens kriminaltekniska laboratorium för analys av eventuella spår av gärningsmännen.
- Vi har förhoppningar om viss teknisk bevisning och det finns även vittnesbevisning, säger kammaråklagare Stefan Ekeroth.
Uppsalapolisen har tidigare berättat att männen och flickorna var bekanta med varandra och att flickorna tagit sig till lägenheten av fri vilja.
Åklagaren Stefan Ekeroth öppnar för att så inte var fallet.
- De är bekanta. Men under rubriceringen våldtäkt mot barn ryms bland annat hot, våld, tvång och utnyttjande, säger Stefan Ekeroth.
Enligt de första uppgifterna från polisen var två flickor inblandade. Men när männen begärdes häktade på onsdagen framkom det att det är tre målsägare i fallet.
- Det har tillkommit en under utredningens gång, säger Christer Nordström, Uppsalapolisens presstalesman.