Våldtäkten anmäldes till polisen vid 20-tiden på tisdagskvällen efter att den utsatte pojken uppsökt Akademiska sjukhuset tillsammans med sin gode man.
-Han har blivit våldtagen på ett familjehem för ensamkommande flyktingbarn där han bor tillsammans med två 16-åringar, säger Kenneth Sundin, vakthavande befäl vid Uppsalapolisen.
De två 16-åriga pojkarna greps misstänkta för våldtäkt mot barn, sexuellt ofredande och olaga tvång. Den yngre pojken har lämnat familjehemmet och vistas nu i stället hos sin gode man.
Under onsdagen har polisen hållit förhör med de två 16-åringarna som på eftermiddagen blev anhållna av åklagare. I övrigt är polisen mycket förtegen kring fallets omständigheter.
- Vi brukar normalt sätt vara återhållsamma med information i ärenden med så unga personer, säger Christer Nordström, presstalesperson vid Uppsalapolisen.
Vet du om flera personer har hörts i ärendet?
- Nej, det vet jag inte.
Vid 20-tiden på onsdagskvällen meddelade polisen att åklagaren beslutat att de båda 16-åringarna ska fortsätta vara anhållna. Under torsdagen väntas flera förhör med de misstänkta och ett antal andra personer som kan veta mer om ärendet.