Mannen, som är i 25-årsåldern, hittades vid 14.30-tiden på måndagen i Stenfalksgränd, skjuten i huvudet.
– Vi jobbar förutsättningslöst med fallet och kan inte utesluta någonting, sade Lisa Sannervik, informatör vid Uppsalapolisen på tisdagen.
I den fortsatta mordutredningen utesluts inte att det rör sig om självmord, men polisen vill inte uppge om man funnit något vapen i närheten av kroppen. Huruvida det rör sig om mord eller självmord var på onsdagen fortfarande inte fastställt.
Den döde mannen hade ett kriminellt förflutet och var känd av polisen sedan tidigare.